Bir üst endoskopi sırasında , bir endoskop ağız ve boğazdan ve yemek borusuna kolayca geçirilir ve doktorun yemek borusu, mide ve ince bağırsağın üst kısmını görmesini sağlar .
Benzer şekilde, endoskoplar bağırsağın bu alanını incelemek için rektum yoluyla kalın bağırsağa ( kolon ) geçirilebilir . Bu prosedüre, kolonun ne kadar incelendiğine bağlı olarak sigmoidoskopi veya kolonoskopi denir .
Endoskopik retrograd kolanjiyopankreatikgrafi veya ERCP adı verilen özel bir endoskopi formu , pankreas , safra kesesi ve ilgili yapıların resimlerinin çekilmesine izin verir. ERCP ayrıca stent yerleştirilmesi ve biyopsiler için de kullanılır.
Endoskopik ultrason veya EUS , sindirim sisteminin çeşitli bölümleri hakkında görüntü ve bilgi elde etmek için üst endoskopi ve ultrason muayenesini birleştirir .